B A S E C A R E
全新升级!可以检测三倍体和片段级UPD的CNV-seq!
2021年9月8日 · 苏州
基于临床需求考虑,贝康医疗对CNV-seq检测产品进行迭代升级,为临床提供了与常用芯片相同检测内容的更具性价比的检测产品。

编者按:

染色体异常是导致出生缺陷的重要因素,检测染色体异常的技术有很多,近年来基于高通量测序的基因组拷贝数变异检测技术(Copy Number Variation sequencing,CNV-seq)在流产原因排查、产前诊断及遗传病因检测等临床方面应用广泛。但是,在产前诊断和遗传病因检测上CNV-seq仍有着检测局限性,主要原因是CNV-seq无法对三倍体、单亲二倍体(Uniparental Disomy,UPD)进行检测,故而共识指南建议在使用CNV-seq的同时结合其他技术方法用于三倍体和UPD的诊断,来防止漏诊的出现[1]。

基于临床需求考虑,贝康医疗对CNV-seq检测产品进行迭代升级,采用特殊的文库构建方法,在分析CNV的同时,结合SNP信息实现对三倍体和5Mb以上的杂合性丢失(Absence Of Heterozygosity,AOH)或UPD的检测,为临床提供了与常用芯片相同检测内容的更具性价比的检测产品。

贝康医疗CNV-seq 升级版重磅推出

● 23对染色体非整倍体

● 100kb以上染色体片段缺失/重复

● 新增三倍体检测

● 新增5Mb以上AOH或UPD检测

● 升级≥10%的染色体非整倍体嵌合检测

● 升级≥20%的染色体10Mb以上片段嵌合检测


贝康医疗CNV-seq产品介绍



三倍体和UPD染色体异常检测同样必要


三倍体在导致流产的染色体病因中具有一定比例,研究发现大约0.5%的流产是由于染色体三倍体异常引起的[2]。同时,三倍体的检出对后续生育指导具有重要意义,可以影响到后续辅助生殖方案的制定以及产前诊断技术的选择。


在染色体异常检测中,临床往往重点关注染色体数目异常和染色体片段缺失重复异常,而AOH或UPD往往被忽视甚至遗忘。究其原因,一是临床对AOH或UPD的认知不足,甚至能对其中文名称说对的都不多,还有些分不清AOH和UPD的差别;二是对AOH或UPD的检测技术临床应用较晚,且合适的技术较少。AOH是指基因组区域中呈现的杂合性丢失的现象。UPD是指来自父母一方的染色体片段被另一方的同源部分取代,或一个个体的两条同源染色体都来自同一亲体。当UPD发生在第6、7、11、14、15及20号染色体时,由于这些染色体存在印记基因,便可能导致UPD疾病的发生,UPD疾病在产前胎儿发育异常、儿童智力低下及发育迟缓等很多疾病中非常重要,其发病率并不低,约为1/4000,低于21三体综合征,但高于18三体和13三体综合征[3]。


CNV-seq共识建议结合其他技术辅助诊断UPD





2019年4月,中华医学会医学遗传学分会临床遗传学组、中国医师协会医学遗传医师分会遗传病产前诊断专业委员会、中华预防医学会出生缺陷预防与控制专业委员会遗传病防控学组联合发布《低深度全基因组测序技术在产前诊断中的应用专家共识》[1],建议临床高度怀疑胎儿为单亲二倍体时,应结合STR或 SNP array等技术进行检测。


2020年ACMG关于UPD产前诊断的考虑声明


在SNP芯片逐渐被CNV-seq取代的大势下,ACMG指南发布了UPD产前诊断的声明[4],建议对如下人群在产前诊断时应检测UPD:孕妇高龄;采用PGT助孕,打算植入有印记染色体嵌合胚胎;穿刺绒毛或穿刺羊水提示印记染色体三体或单体嵌合;产前超声异常与某种UPD疾病表型一致;绒毛穿刺或羊水穿刺提示存在遗传的或新发的涉及14号或15号染色体的罗氏易位或者等臂染色体;新发的小标记染色体(sSMC),但不带有明显常染色质;发生在非罗氏易位的印迹染色体的3:1分离可能导致三体或单体挽救或配子补救。


2020年《产前遗传学诊断拷贝数变异(CNV)和纯合状态(AOH)数据解读及报告规范的专家共识》广东省团体标准建议检测5Mb以上的AOH


该团体标准建议AOH的检测阈值为5Mb以上的AOH,其中不仅说明了报告UPD的情形,还提出对于非印记染色体,如果AOH区域包含导致严重后果的孟德尔隐性遗传病相关基因且超声提示的表型与该疾病相符或有相关疾病家族病史时,建议报告AOH且提醒行额外检测。


贝康医疗CNV-seq升级版可以实现儿科遗传病基因芯片的检测效能


2016年6月,中国医师协会医学遗传学分会、中国医师协会青春期医学专业委员会临床遗传学组、中华医学会儿科学分会内分泌遗传代谢学组联合发布的《染色体基因组芯片在儿科遗传病的临床应用专家共识》提到[5],建议对不明原因的智力落后和(或)发育迟缓、非已知综合征的多发畸形以及自闭症谱系障碍建议用CMA检测。其中CMA的基本参数要满足:探针覆盖复发性基因组病及常见微缺失微重复综合征区域;可检测>400kb的CNV;可检测已知印记区域的纯合区(AOH)。贝康医疗CNV-seq升级版可以满足共识对染色体异常检测内容的要求。


● 参考文献

[1] 中华医学会医学遗传学分会临床遗传学组, 中国医师协会医学遗传医师分会遗传病产前诊断专业委员会, 中华预防医学会出生缺陷预防与控制专业委员会遗传病防控学组. 低深度全基因组测序技术在产前诊断中的应用专家共识[J]. 中华医学遗传学杂志,2019; 36(4): 293-296。

[2] Wang Y, Li Y, Chen Y, Zhou R, Sang Z, Meng L, Tan J, Qiao F, Bao Q, Luo D, Peng C, Wang YS, Luo C, Hu P, Xu Z. Systematic analysis of copy-number variations associated with early pregnancy loss. Ultrasound Obstet Gynecol. 2020 Jan;55(1):96-104.

[3] Benn P. Uniparental disomy: Origin, frequency, and clinical significance. Prenat Diagn. 2021 Apr;41(5):564-572.

[4] Daniela Del Gaudio, et al. Diagnostic Testing for Uniparental Disomy: A Points to Consider Statement From the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Genet Med. 2020; 22(7): 1133-1141.

[5] 中国医师协会医学遗传学分会,中国医师协会青春期医学专业委员会临床遗传学组,中华医学会儿科学分会内分泌遗传代谢学.染色体基因组芯片在儿科遗传病的临床应用专家共识[J]. 中华儿科杂志2016年6月第54卷第6期。